Medical Center ITS merupakan perluasan dari Balai Pengobatan ITS yang pembentukannya berdasarkan SK Rektor Nomor : 3122.1 / K03 / OT / 2006 menjadi Unit Pelaksana Teknis (UPT) Medical Center ITS. UPT Medical Center ITS adalah Pusat Pelayanan Kesehatan untuk civitas akademika ITS dan masyarakat umum. Medical Center ITS adalah Unit Rawat Jalan yang melaksanakan pelayanan pemeriksaan, tindakan medis, penunjang medis dan rujukan. Medical Center ITS mulai beroperasi pada tanggal 14 Juli 2006